开端
断肠崖边，杨过看到小龙女留在墙上的字，悲痛欲绝，幸好众人赶到，黄蓉巧言打消了杨过寻死的念头。杨过服下断肠草，以解情花之毒。黄蓉启程回襄阳，杨过和程、陆三人决定留在绝情谷。
在绝情谷中，三人休息之后，就开始寻找情花树(共四棵，地图比较简单，很容易找到)。毁掉全部的四棵情花树后，回到山洞休息(从小屋向上走，然后从第一个岔路口往右走，走到尽头便可以找到山洞)。当天晚上，金轮法王带着徒弟霍都来访，打败法王后，霍都逃跑。杨过再次放过了金轮法王，只是警告他此后不要再来中原生事。第二天，程英和陆无双来到山洞门口，发现杨过已经悄然离开了绝情谷……
杨过离开绝情谷，回到神雕山谷。往前走进入山洞，一直向右走，来到剑冢前。看到独孤求败留下的话，杨过悟到无剑胜有剑的剑道最高境界，于是下定决心，在十六年间潜心钻研“木剑胜铁剑，无剑胜有剑”之法。从剑冢处进入山洞，往上走来到山顶，遇到神雕。可选择是否与它比试武艺。与之多次交手后，可学得大雕展翅，一心求败和破尽天下等独孤求败的武功绝学(学到破尽天下的几率只有二十分之一，多SL吧。1.0版本有一个小bug：如果主角沿着山顶的边缘走的话就可以从一块石头上走到山顶外的云雾中。不过走出去之后千万不要记录，否则就无法下山了)。学完武功后下山，遇到神雕。杨过决定到绝情谷走一趟。神雕却拦住了杨过的去路，将他带到了东海渔村。
除恶
进入东海渔村，杨过在神雕的训练下功力大增。这段时间大家突然都捕不到鱼了。杨过来到港口，听到村民们怀疑三十年前的海蛟又回来了，杨过决定扬帆出海。在海上遇见海蛟，杨过和神雕奋力打败海蛟。回村后，杨过又得知隐居在不归海中的一个小岛的神尼的消息。杨过继续询问神尼当年是怎么到小岛的，一村民说以前有一个姓段的渔人曾与神尼一同前往，并告知那段姓的渔民现在定居嘉兴。杨过听后，立即启程赶往嘉兴。走之前，轻松搞定海贼，柯镇恶出现(剧情在这里出现了分支。选择与柯镇恶同行，二人同去拜访住在那里的程英和陆无双。找到二人后，大家决定先去镇上酒店叙叙。在去酒店的途中，一老者以问路为名绑走程英，并要求柯镇恶单独到蔽日林中相会。杨过赶去蔽日林，发现柯镇恶已被打伤，送他回嘉兴，再去蔽日林，越过小溪后遇青灵子，上树走一段后见凶手，大家开打，然后送柯镇恶和程英回嘉兴养伤后告别去常德。选择先找龙儿，则回到村庄与村人王丰对话，就可以去不归海了。这里选择“但好不容易有了龙儿的消息，先找到龙儿再说”将剧情继续)。为了报答杨过两次救命之恩，村人王丰愿意带杨过前往不归海。费尽九牛二虎之力大家终于走出了不归海。正在大家松了一口气的时候，海蛟再次袭来，一番苦战终于彻底解决了海蛟。在岛上杨过等待一月，最后还是失望地回到了渔村。
破案
出东海渔村，进入嘉兴镇。在一民屋中找到段二爷，从他那里可以得到南海海图1(
)(此前如果选择与柯镇恶同行就无法得到海图)，并得知曾经去过不归海的段大爷已经去世了。段二爷告诉杨过段大爷生前最喜欢去嘉兴城郊的蔽日林。于是杨过决定去蔽日林看看。进入林中，来到一岔路口，往右前进遇到前来寻找师傅凌虚真人踪迹的昆仑派弟子青灵子。二人谈话间，前方传来打斗声，二人一路向前，从路中间的树干向上，一会便找到打斗之处。原来是程英、陆无双和柯镇恶三人与一老者对峙。杨过与青灵子出手相助。击败老者后，得知此人名叫厉风行，正是青灵子要找的枯瘦老者。厉风行自称已经将凌虚真人杀害，并拿出了昆仑派掌门人的信物为证，最后还告诉青灵子，要找凌虚真人便到洛阳西郊的八达观去。青灵子报仇心切，赶紧告别众人，只身追赶厉风行去了。陆无双发现地上有李莫愁的独门暗器冰魄银针，无奈之下，二人也只能将受伤的程英和柯镇恶送回嘉兴镇。(
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半月后，杨过决定只身上路，打探一下事情的真相。在港口上船与船客一一对话之后，杨过回到自己的房中休息。晚上隔壁房间却发生凶杀案，当晚调查未果。第二天，杨过继续询问各位船客。几经查询后，与申屠无极对话，二人将自己所得线索综合，发现凶手正是船客赵晖。杨过教训他之后，赵晖不敌逃走。
进入常德镇(在常德纪家知道老人找女儿，去嘉兴找到与其对话可无限得到感情值)，一路右行，来到飞捷楼。楼台上一位老者和一年轻人发生了争执，杨过正想劝阻，申屠无极出手阻止了老者。大家离开之后，杨过也回客栈休息。晚上会发生一段剧情。
阴谋
出常德镇，先往西走，走到河边再改往北走，走不远会发现一座桥，过了一座桥之后，沿河往东走，走到路的尽头(这里河边有并排的四棵树，河对面有一小块陆地)，改向北(注意这里河流分岔较多、地形不太好区分，千万不要走回去了，要往北走一阵之后遇到河流才对，不是一转身就能看见的那条)，走一阵之后又会到一条河，沿着这条河流向西北走可到襄阳。从另外一个出口进入大地图(站着两个士兵的那边)，然后往北偏东的方向走来到洛阳。杨过无意中打听到晚上可能会有事情要发生。入夜后，四处打探，发现在白马寺中有异常动静。来到白马寺，飞身跳上大雄宝殿屋顶，发现厉风行一伙人正在商量如何入侵少林。杨过不小心发出了一些响动，被众人发现，战斗胜利后，敌人离去。杨过决定即刻赶往少林，通知天鸣禅师。
回客栈休息一晚后，离开洛阳城。通过洛阳城旁的木桥，便可到达少林寺。来到少林寺正门，却不料少林此时不接客，于是杨过决定去找黑衣人所说的秘道。往大门右走即可进入秘道。杨过走出秘道，却发现无色禅师早已在秘道外守候，原来厉风行等人买通的少林弟子诬告杨过。打败无色禅师时，门外突然攻来了一大群人，杨过因为伤势过重，晕倒在地……
杨过醒来时，发现自己被申屠无极所救。申屠无极告诉杨过，少林已经被攻破，方丈天鸣禅师被抓，无色禅师正在联络武林各派，以解少林之危。杨过决定去找常德的火器专家黄一炮来帮助少林，申屠无极则决定继续去打探厉风行一伙人的消息。
回到常德镇黄一炮的家中，发现黄师傅的右手受了伤，原来一个月前有人盗走了火炮的设计图，同时还破坏了所有的火炮机关。黄一炮告诉杨过最近常德附近的乌鸦山有问题，杨过决定上山一探。出门来到镇口，遇到张一氓和纪文馨，二人决定仗义相助。纪文馨和杨过一同前往乌鸦山。
进入乌鸦山后，遇到了青灵子正在此处调查，于是三人同行。三人在乌鸦山一番察看，才明白，原来蒙古人利用黄师傅的火炮设计图制作火炮，想以火炮作为侵攻搭宋的工具，而乌鸦山盛产硫磺、硝石，因此成了他们制作火炮的绝佳场所。三人当即将所有大炮全部毁掉，并带走了火炮图纸。返回时，刚走到山口就遇到蒙古的火器专家武炎，三人打发了武炎。又遇到了厉风行，却被青灵子一掌击毙，杨过心中疑惑。三人离开乌鸦山，纪文馨独自回去常德。杨过、青灵子二人则赶往洛阳与无色禅师和申屠无极会合。
来到洛阳，与无色禅师和申屠无极会合。杨过将火龙炮图纸交给申屠无极后，四人即刻出发。众人先在少林门口埋伏，待申屠无极计策成功，杨过便带领众人冲入大雄宝殿。这时白损道人和武焱出现，众人与他们开战。战斗结束后，白损道人的师傅九死生出现，众人又不得不面对这个一流高手。战胜九死生后，他带着徒弟离开了少林。这时又发生了真假青灵子的事件，完成之后杨过休息数日便告辞下山。
救人
来到少林山脚，遇到一位妇人。杨过上前询问，得知少妇女儿被蒙古千户强占，决定帮助少妇讨回公道。来到洛阳，入夜后，杨过只身潜入千户府，救出了女儿，并且帮妇人报仇。
回到客栈后，母女二人对杨过救命之恩感谢不已，回到客栈前庭，遇到张一氓。张一氓告诉杨过纪家发生了爆炸，只有管家幸存。管家告诉他爆炸前看到一个人的身影酷似赵晖，杨过一听大怒，决定立刻去找赵晖。一出门正好遇到赵晖，二人立刻动手。打败赵晖后，赵家老爷也来了，赵晖居然诬陷杨过二人是蒙古人派来的，赵老爷大怒，于是又一场苦战在所难免。打败赵家父子后，杨过将赵晖的恶行一一告诉赵老爷。赵晖还想狡辩，这时已出家为尼的纪文馨来到，证实了杨过的话。赵老爷一气之下结果了这个恶贼。谁知，赵晖临死之前用含毒暗器打伤了女恩的女儿楚姑娘，好在洛阳城中有一神医百草仙，杨过急忙带着楚青柳赶往百草仙的无命医馆。白草仙发现毒药是外蒙的一种奇毒。如不能及时医治，就算是日后能解其毒，楚姑娘也无法醒来。百草仙暂时抑制住毒性，并告诉大家解毒方法：首先找到至寒的药材，必须是常年在雪山上的极其珍贵的药材；其次，还必须有一个修习玄寒内功的高手，以其内力配合药材帮楚姑娘疗伤。大家各尽所能想办法，只留下纪文馨照顾楚姑娘。
出了洛阳城，一路西行来到华山。进山后，按右拐、右拐、左拐的顺序走即可发现千年雪参的踪迹。打败雪参后，独孤求败的唯一传人卫津云出现。战胜后，卫津云佩服杨过身手不凡，将人参双手奉上。杨过来到山口，又遇到一群官兵正在围攻一位少年。杨过出手相助。打败官兵，少年告诉杨过他乃四川守将余元帅手下的将军之子，元帅受到朝中奸臣陷害，半个月之后就要行刑了。杨过闻言气愤不已，决心立刻赶往临安救出他的父亲。杨过和百草仙一起赶回洛阳，安顿好楚青柳之后，立即动身前往临安。(
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经过襄阳城，来到常德镇搭船回嘉兴，出镇后一路西行来到临安城(在临安帮一小孩送药，送完后与小孩对话可获得感情值，且可以无限次对话)。进城后直接来到衙门，见一老妇正为自己的儿子叫冤，杨过给她一些银子让她赎回儿子并答应以后帮她收拾这个狗官。来到陈府，门人不让进去，晚上杨过闯入了陈府，进入大厅后，被众人发现，一场激战之后，杨过毫不犹豫地取了陈大全的项上人头，并将其挂于城门之，为老百姓们出了一口恶气。随之来到丁相府，发现机关重重，就回去找黄师傅帮忙。二人一起回到临安，夜深时重返丁府。来到大厅，搬正墙上壁画，铁门全部自动打开。沿楼梯下来，在一房间内可找到金行门钥匙，再往里走，触碰床上机关，来到一火行门前，用眼前宝箱内的火行门钥匙打开此火行门，沿楼梯可到达一金行门，于内可获得木行门钥匙，于一木行门内又可获得水行门钥匙。再下一层于一水行门内可得到火折子，在另一个水行门内可得到土行门钥匙。来到楼上土行门可找到丁宰相，一场战斗过后杨过将其击昏，白损道人和九死生突然出现，向杨过和黄一炮发起了攻击。打败他们后，得知二人来自蒙古，并幕后操纵丁宰相引起大宋内乱。杨过稍一分神，二人便逃之夭夭……杨过带走昏倒的丁宰相，来到地窖，进入一狮头石门，利用火折子点燃蜡烛，进入下一道门，发现一井穴，进入井穴中，将黑玉镯放在里面的一个台子上，终于揭开了黑玉镯之谜：原来曾经有一位镇守襄阳的将军，将襄阳地势险峻、易守难攻，怕其日后落入敌人之守，便在襄阳城中埋下了万斤炸药，若是城破则与敌人玉石具焚，而这黑玉镯正是开启炸药机关的钥匙，要想打开机关必须按照黑玉镯的提示找到六样法器。收好玉镯后，二人带丁宰相道贫民区找到宋五，让他赶去刑场用丁宰相换回王惟忠一命。
杨过决定回洛阳医馆去看望受伤的楚姑娘。谁知回去的第二天一早，黄一炮跑来告诉杨过黑玉镯竟然不翼而飞，二人觉得此事事关重大，他们必须抢先先找到那六种法器。昙华大师告诉杨过，五台山有这样的法器，于是三人急上五台山寻找法器。
寻宝
出洛阳城往西走，来到风凌渡，渡河后往东北(沿着地图上的小路走)可发现一座小桥，过桥后，东北不远处就是五台山。进入山中，才发现山中地形十分复杂，大家费劲艰辛才来到寺中大殿。(山路走法是：在第一岔路口左拐，然后直走，第二个、第三个岔路口都是右拐，然后可以看见一个小平坝，右面是阶梯，左面是一条很长的路，在这里先往右下阶梯，然后过桥，之后再过正面偏右的桥，然后又上阶梯。上阶梯之后左拐进入一个山洞，山洞左面的路走过去会有一座观音像，但是此时无用，应当先到大殿。走山洞内右面的岔路出洞，然后走左面的路，走到有一个很大的斜坡的地方，上坡可到大殿。)。来到大殿，居然看见申屠无极和人厨子也在这里。申屠无极要杨过等人立刻随他去。沿原路返回，在一个瀑布处遇到蒙古易容高手，战胜后得到六法器之一的禅杖，那人逃走。众人正欲追上去，又遇到了楚姑娘。这时蒙面人突然出现，并挟持楚姑娘，要求杨过等人以六样法器来交换。众人回寺商议，决定先找齐其他的法器，阻止蒙古人的阴谋。在五台山上还可找到另外两件神器，得到六法器中的金刚杵和剑后(五台山另外两件神器的所在：金刚杵，在刚才山洞的左边岔路往里走的观音像上；剑是最不容易找到的，沿着进入五台山经过三个岔路口之后到达的那个小平坝的左边那条很长的路往里走，这条路容易被看成是断路，一定不要被迷惑了，要一直走，走到一个有上下两个斜坡的地方，在这里走上面的那个斜坡，上去不远就可以看见一个观音像了)，众人立刻赶往洛阳白马寺去寻取下一样法器。回到洛阳，众人直奔白马寺，找到法器后，又立刻兼程赶往少林寺。在少林寺的塔林密到的入口处和密道内可找到最后两样神器。找齐六样神器后，立刻赶去襄阳城(与街上一穿紫色衣服卖活血散的的胖子对话有可能会死机，大家小心！这里进城后最好是直接去清风客栈休息，不要与任何人对话，否则剧情可能不会发生！可能是个bug)。到襄阳城后，杨过等人先到客栈休息。晚上，一行人来到羊太傅庙，发现庙内右一条通往后院的路，三人进入，来到一大房子前，绕过房子，进入房后的门可来到另外一个大房子前，进入房中，夜枭等人早已恭候多时了。杨过用神器换回楚青柳之后，正欲阻止蒙古人进入密道，楚姑娘竟然出手点了三人的穴道，原来楚青柳乃是蒙古的真妍公主。三人被押入机关室中，杨过自解穴道，与夜枭交手。而正当杨、夜二人打得不可开交的时候，炸毁襄阳的机关被他们启动了……杨过顿时方寸大乱。那个该死的夜枭就趁机用火龙炮袭击杨过，真妍公主却帮杨过挡了一炮！杨过伤心之际，黄一炮冲进来了，不一会儿便把爆炸装置全部销毁。
捉狐
伤心的杨过再次独自上路。来到风陵渡，却被“西山一窟鬼”无理取闹，杨过决定在倒马坪和他们决斗。来到不远处的倒马坪，一下就摆平了几个恶鬼，结果万兽山庄的庄人们却埋怨杨过影响他们捉灵狐，杨过虽然以非凡的武功令他们都败得心服口服，但影响了他们捉灵狐却是不争的事实，杨过把抓灵狐的事情也扛在了自己肩上。不过烦人的事情却不止这么一件，那个小姑娘定要缠着杨过，出于无奈杨过只好带上她一起来到不远处的黑泥潭。来到黑泥潭，便进入小游戏(反过来走，注意“T”字形的路口，这里船都要停。)很快便见到了灵狐，和它们打了一架，不料把养它们的老太婆给引了出来。杨过将万兽山庄寻找灵狐的缘由一一告知，不想那个老太婆打死都不给灵狐，正当争执不下之际，一灯禅师出现，原来这位老太婆正是当年深爱着周伯通的瑛姑。瑛姑要求须见到周伯通才肯给杨过灵狐和原谅裘千仞。杨过只好去找周老顽童了……来到百花谷，找到周伯通，连哄带骗地终于把他带到了瑛姑面前，应先前之约，瑛姑交出灵狐。杨过立即将它交给倒马坪万兽山庄的兄弟们。
回到襄阳城再去睡上一觉，却救下来了郭芙。不过杨过为了履行对郭襄的诺言，开始慢慢地筹集去了。过了襄阳城的小桥就看见该死的蒙古包，杨过就消灭点蒙古兵来作为第一个贺礼；不远有他们的粮草，烧掉他们来做第二道礼物；办完头两件礼物后回到襄阳城，杨过送上第三道礼物：揭穿了何师我的阴谋。诺言之事于此算是全部完成了。这时，黄老邪出现，要求和杨过叙旧，杨过便和他去客栈小喝几杯，顺便问问有关“南海神尼”的事情，这个老头儿还必须让杨过先和他切磋切磋才肯说(千万不要小看他哦，很厉害的家伙)。打败黄药师后，方才得知“南海神尼”的事情是一个瞒了杨过整整十六年的谎言……到了这时，游戏终于接近尾声。
结局
结局1:(神雕侠侣，绝迹江湖) 离16年之约越来越近了，虽然杨过早已知道根本没有南海神尼这回事儿，不过痴情的他还是来到绝情谷等待龙儿，希望他的龙儿并没有骗他，希望会有奇迹出现……但是等到太阳都落山了，小龙女还是没有出现。杨过绝望了，这些日子以来太多的痛苦使他对人生早已失去了信心，决定殉情小龙女，他不听郭襄的劝阻就跳下了悬崖。不过，上天是公平的，在悬崖下面杨过找到了日思夜想的龙儿，龙儿多年来的心愿也得到了满足，有情人终成眷属……不过国事当前，二人还没时间好好感受久别重逢后的喜悦，立刻动身回到襄阳进行最终的决战……(决战可不是好玩的，当心了哟！)
结局2:(寻小龙女不遇，蒙古退兵，杨过独自浪迹江湖)离16年之约已到，杨过来到绝情谷等待龙儿的出现。但是等到太阳落山龙儿也没出现，杨过正欲跳崖殉情，郭襄跑来劝阻，杨过听了郭襄的劝阻没有跳下去。和金轮法王展开生死决斗，并一掌把他打下谷底。然后一群人跑过来，告诉杨过龙儿极有可能就在绝情谷底。杨过便决定和大家一起下去探索，并向郭襄保证不再自杀，但是找遍了整个绝情谷底也不见龙儿的踪影……爬上来后，有人来报襄阳战况告急。国事为重，大家一起赶回襄阳进行最后的决战……
结局3:(寻小龙女不遇，杨过无心世事，大宋灭亡)16年之期已到，然而绝情谷中并无小龙女音讯……杨过心死，襄阳城破，大宋即将不复存在……